Do Seria A trafił w 2001 roku. W lipcu 2005 roku przeniósł się do Anglii, gdzie występował w Newcastle United FC. W 2008 roku „Sroki” dostały od Fenerbahce SK 4,5 milionów euro, które pozwoliły na powrót gracza do ojczyzny.

W ostatnim sezonie Emre rozegrał 22 mecze ligowe. Zdobył w nich 5 goli i zanotował 4 asysty. Grał na tyle dobrze, że po gracza upomniało się Atletico Madryt.

81-krotny reprezentant Turcji do Hiszpanii przeniesie się bez kwoty odstępnego, gdyż jego umowa kończy się z dniem 30 czerwca. Ze zdobywcą Ligi Europy podpisał dwuletni kontrakt.