Skorża karierę trenerską rozpoczynał właśnie w Legii w 1994 roku, jako szkoleniowiec drużyn juniorskich. Cztery lata później odszedł do SMS-u w Piasecznie. Od 1999 roku trenował grupy młodzieżowe w Amice Wronki, z którą sięgnął po tytuł mistrza Polski juniorów starszych. Sezon 2002/03 rozpoczął już jako szkoleniowiec rezerw wronieckiej drużyny, a dokończył w charakterze asystenta Mirosława Jabłońskiego w Wiśle Płock.

Od połowy 2004 roku pracował jako szkoleniowiec Amiki i został pierwszym trenerem, który wprowadził polską drużynę do fazy grupowej rozgrywek o Puchar UEFA. W 2006 roku wywalczył czwarte miejsce na finiszu rozgrywek Ekstraklasy i odszedł do Groclinu Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski.

W sezonie 2006/07 z drużyną należącą do Zbigniewa Drzymały Skorża zdobył Puchary Polski oraz Ekstraklasy. W nagrodę za te osiągnięcia Bogusław Cupiał zaproponował mu kontrakt w Wiśle Kraków. Z "Białą Gwiazdą" obecny szkoleniowiec Legii zdobył dwa tytuły mistrzowskie, dotarł także do finału rozgrywek o Puchar Polski. Z klubem z ul. Reymonta rozstał się jednak 15. marca.