Pavol Masaryk urodził się 11. lutego 1980 roku w mieście Radimov. Od 2003 roku grał w Spartaku Trnava, a dwa lata później został piłkarzem Slovana Bratysława.

Przed sezonem 2010/11 przeniósł się na Cypr do AEL Limassol, w którym w dziewięciu meczach zdobył jedną bramkę.

Masarykowi jeszcze nie udało się zadebiutować w reprezentacji Słowacji. - Kilka razy byłem powoływany, ale ostatecznie nie pojawiałem się na boisku - przyznaje piłkarz.

Słowak mierzy 184 centymetry wzrostu.